Игра является сиквелом к игре 2011 года Deus Ex: Human Revolution. Действие Mankind Divided разворачивается в 2029 — спустя два года после событий Human Revolution. Главным героем игры останется Адам Дженсен.

Игра является сиквелом к игре 2011 года Deus Ex: Human Revolution. Действие Mankind Divided разворачивается в 2029 — спустя два года после событий Human Revolution. Главным героем игры останется Адам Дженсен.
Сюжет:
Сценарист проекта Мэри ДеМарли в своем интервью для Game Informer отметила, что она стремилась писать сюжет совместно с другими членами команды разработчиков. Это давало возможность совместной работы над игрой с разных сторон и создания новых идей. Она подчеркнула, что мало написать буквы на бумаге — нужно понимать, что будет видеть и ощущать игрок во время прохождения.
Раскрывая роль Адама Дженсена в Mankind Divided, Мэри акцентировала на том, что в Human Revolution ему пришлось сделать выбор, от которого зависела не только его жизнь, но и большей части человечества. Но спустя два года становится ясно, что Адам ошибся и теперь он желает исправить произошедшее. Для этого ему пришлось искать влиятельного и мощного покровителя, чтобы противостоять скрытым силам, влияющим на мировые процессы. Поэтому Адам начал работать на Интерпол.
В реалиях новой части серии аугментированные граждане подвергаются серьезным гонениям, а многие организации стараются всячески ущемить их права. В ответ на это создаются подпольные оппозиционные сообщества, которые хотят восстановить права аугментированных людей. Тем не менее эти группы рассматриваются как террористические, и Адаму, как агенту Интерпола, придется установить их причастность к некоторым террористическим актам. Основной завязкой является поиск баланса между данными группировками. По мнению Мэри, главной мыслью новой игры является вопрос «о принятии себя таким, каким ты стал не по собственному желанию, а в силу обстоятельств, и дальнейшему пониманию того, кем ты являешься».